“闽贼”“逆贼”“余孽”“海贼”这些字眼，都表明清政府和忠于它的官员群体对郑成功所持态度已成定局，深恶痛疾之余，“贼”由此被完全确定下来。乱臣逆子的评价，最终也完全坐实。

然而他的海上武装集团却慢慢浮现出动摇、妥协倾向，尤其是在对郑成功的招抚失败后，清政府转而对其底下将领开展分化、收买活动。

讽刺的是，郑军将领率众降清事件竟然层出不穷，这在极大程度上影响了内部的团结和稳定，也为其失败埋下了伏笔。

郑成功的事业巅峰期及卒年与整个顺治朝的时间持平，简单论之，当时的郑成功自始至终就是威胁清王朝统治的“眼中钉肉中刺”，割据一方，不利于国家的统一和社会的和平，是东南大患。

只是在顺治前期对其的招抚抱有希望和侥幸心理，也有欣赏和肯定，以为他能如郑芝龙一般忠诚归顺，为朝廷所用。但是招抚政策的破灭和郑军的日益强大，顺治朝才反应到郑成功已经能与之完全抗衡，而威胁到它的统治了。

但苦于不能迅速统一闽地，又忌惮郑的军事实力，所以清王朝对他的评价显然是深恶痛疾和否定的。而后，大陆抗清事业的错失时机和失败，郑成功只能攻打荷兰人殖民占据的台湾而驻扎于此了。

郑芝龙对清廷来说已没有可利用的价值，于顺治十八年（1661年）十月全家被杀。郑成功在得知消息后，再加之其子郑经的刺激，没多久便病亡。