思想观念之外，为变法而设的种种制度、机构，由于各种失误，实质上阻碍了变法的顺利进行。

变法的总指挥室，在制置三司条例司。

它是把户部中的户部司、度支司、盐铁司等三司集中起来，对经济权力进行重组，成为变法改革的中枢权力机构，这个原本是出台和解释条例的立法部分，成立直接的执法权力机构。

权责不明，机构不成熟，为变法的失败埋下祸端。

应当说士大夫固有利民、以民为本的志向，但实施过程中不免害民之利，这不是王安石本人的错误，这只是民众利益和封建制度的根本冲突，是“时代局限”。

但王安石在流弊甚远之后拒绝“媚民”，这就只能说是他要“苦一苦百姓，骂名我来担”了。

正所谓流俗之言不足俱，在反对派屡屡谏以害民之后，王安石却说：“陛下欲以先王之正道胜天下流俗，故与天下流俗相为重轻。流俗权重，则天下之人归流俗；陛下权重，则天下之人归陛下。”

即使在“开封民避保甲，有截指断腕者”，“东明民或遮宰相马诉助役钱”，民怨四起之后，他也仍然一意孤行，无怪乎王安石变法的失败成为必然。

王安石变法的失败，固有深层逻辑。在思想观念中，是指导思想为同辈所不容，在实际推行中，是缺少对利民的关怀和对人弊的体察，在上层建筑中，则是封建帝王之不可靠，最终使得曾经的同路人渐渐疏远，变法成为泡影，自身承载百世毁誉。