朝中的余势是清理得差不多了，这后宫也该整治整治。于是他把目光锁定到了郭皇后身上。

当初要立郭皇后为后时，他是极力拒绝的，当时宋仁宗极其宠幸宫中的张美人，张美人自幼进宫，受到了章惠太后宠爱，且此女聪明伶俐，乖巧可人，能言善辩，自然是把皇帝哄得团团转，心中也早就想好立她为后。

但太后却不看好她，以出身低微为借口，极力反对立她为后，坚决要立郭崇的孙女为后，皇上无奈，抑郁，但也畏惧太后实力，这也在宋仁宗心中埋下了怨恨的种子。

但皇后又岂是说废就能废的？且皇上虽一直待郭皇后极为冷淡，但郭皇后一直忍辱负重，并未有过逾矩之举，这让皇帝十分苦恼。

但在一次后宫争宠之事，却给了宋仁宗机会。

三个女人一台戏，这后宫佳丽三千，不知道能组出多少台戏来，一天，郭皇后又和皇帝的宠妃尚美人起了争执，一气之下就动手打了尚美人，皇上又岂会看着爱妃白白挨打，于是上前护佑，这一护可不得了，尚美人是没被打着，皇帝的颈上却挨了一下。

皇帝可是九五之尊，这一下可是要砍头的，宋仁宗恼羞成怒，废后之想法更是坚定，于是他找了大臣阎文应，与他商讨此事，而后又召见了宰相吕夷简，二位大臣均未反对，说到：“后立有九年，尚无子，义当废。”“汉武帝是一代明君，尚有废后之举，郭氏伤害皇上，理应废之”。

于是，故以皇后失德，多年未为皇室生育一儿为由，于明道二年十二月被废，封为净妃，关长乐宫。

“皇后以无子愿入道观，特封其为净妃、玉京冲妙仙师，赐名清悟，别居长宁宫以养。”——《诏书》