事情越闹越大，朝廷指派嘉定府没收大仙庵中的“淫祀”物品，并砸烂了庵里的神像牌位。刘巩氏及其他女子全部被打入大牢，巩府的财产也全部充公。官府在大仙庵的门口贴上了封条，禁止老百姓进入，并派公差日夜监视大仙庵，想要捉住“白蛇大仙”。

一时间，这起“蛇神案”在嘉定城内传得沸沸扬扬，老百姓对此议论纷纷。巩固混迹官场多年，如今见自己竟遭到小人算计，落得家破人散的下场，岂能就此作罢？恰巧巩固的好朋友赵尔丰正在川边镇压叛乱，巩固当即写了封信，将事情的来龙去脉转达给好友赵尔丰。赵大帅见巩固向自己伸冤，自然不能置之不理。于是，赵尔丰便起草奏章，向朝廷陈情。

实际上，赵尔丰帮助巩固也是有私心的。

他受朝廷指派在川边镇压叛乱，做着吃力不讨好的差事，赵尔丰对此十分不满。赵尔丰想要当上四川总督，为此他必须将原来的总督锡良挤走。为了帮助巩固，同时给锡良泼脏水，赵尔丰在奏章中称“为安定川省民心，似以抚慰民众为妥”，并直指锡良在这起事件中毫无作为，优柔寡断，任由张知县等人讹诈乡绅，滋扰百姓。

当时正值川边镇乱的紧要关头，朝廷生怕这桩怪案会影响蜀地的民心。为了让此事大事化小，朝廷很快便给出了解决方案，称“不究冤抑”，将涉案的刘巩氏等人释放，只是罚了巩家白银两万两便草草了事，不再细查。

“蛇神案”固然古怪，但更离谱的却是这起案件中各级官僚的表现。从这起案件中，各怀鬼胎的地方官员们远比“蛇神”更令人唏嘘。