对于察合台和窝阔台家族，蒙哥给予了严厉的打压，不仅清洗了窝阔台旧臣，甚至暗杀了窝阔台的孙子。

自此，察合台汗国再也不复往日的荣光，蒙哥去世后，蒙古汗国再一次陷入了动荡，蒙哥的二弟忽必烈与四弟阿里不哥开始争夺王位。

察合台汗国利用特殊的地缘位置，在各个汗国间斡旋，时而联合其他汗国反对忽必烈的统治，时而又投靠忽必烈，攻击其他汗国。

三番两次的反复横跳之后，察合台汗国最终服从于元朝的统治，并在忽必烈的帮助下，吞并了窝阔台汗国大量土地。

但即便如此，察合台汗国的地缘位置依旧十分尴尬，北有金帐汗国虎视眈眈，东有元朝雄踞一方，西有伊利汗国与元朝交往甚密。

对于察合台汗国而言，领土根本不可能得到扩张，除非带领骑兵踏入森林密布、潮湿炎热的印度半岛厮杀。

因此，察合台汗国的版图在此后并没有向外扩张，相反，因为地处中西亚之间，国内的宗教矛盾变得异常复杂。

伊斯兰教与蒙古传统贵族之间的内斗，导致窝阔台汗国分裂为了东、西两个部分，最终，只有势力更弱的东察合台汗国还保留着蒙古风俗。

分裂后的东察合台汗国，再也无法对周边国家产生实质性的影响，在时间的长河中，它虽然没有覆灭，却早已成为了“吉祥物”。

1683年，历经461年风雨的东察合台汗国终于走向了末路，此时，元朝早已不复存在，甚至连当初推翻它的明朝都已经被清朝所征服。