首先，明代国家的财政税收的收入绝大部分从地方收缴上来之后，便会归到中央的管理之下，一少部分会存放在各级地方政府的公费之中。

这样就导致了中央的利益高于所有地方的经济利益，地方财政状况经常被忽略，地方政府的经济甚至会被故意的控制和削弱。

同时，中央和地方在基本的财政决策执行过程中，存在着很大的区别。

由朱元璋制定的集中化一元制的财政管理体系，导致了中央官员过分注重朝廷的利益，过分统揽全国的财政大权，过度的把持全国的财政收入，而忽视了地方政府的切实利益，导致地方财政一直处于囧困的状态。

其次，明代地方社会实行保甲制度和传统社会的士绅宗法制度。

从经济上来讲，明代地方社会的保甲制度的存在，确实保障了地方社会的安宁和稳固，但保甲制度和宗法制度的封闭性和保守性，助长了自给自足的小农经济长期发展，阻碍了明代中后期社会生产的进步，阻碍了明代中后期资本主义萌芽的发展，导致了明代地方社会的经济活力遭到了严重的扼杀，地方政府的财政税收来源也被有意识且无形之中缩减。

地方消极增税，并私自截留中央运送的物资，而这一切恶劣的行为，最终导致明代中央政府实际财政收入的进一步减少，财政支配权利再一次削弱。