可以说，宋王朝的外贸控制，引发了一系列的问题。

市舶司所在地的经营规模虽然越来越大，但是效益却始终差强人意。那些距离市舶司较远的地区，民间走私的现象相当频繁。宋神宗时期，曾于广州担任了六年知州的程师孟启奏朝廷，请求废黜明州、杭州两地的市舶司，整合为广州市舶司。不过，这一请求没有得到宋神宗的许可。

后来，朝廷推行了《元丰市舶条》，规定杭州、明州两地区的杭州、明州两地的市舶司专门负责与高丽国、日本国之间的贸易，而广州市舶司则负责其他十余个亚洲国家的贸易。显然，宋神宗想要将广州打造成大宋对外贸易的重点城市。不过，这项政策推行之后收效不好，所以该条例在施行一年后便名存实亡了。

之所以会出现这种情况，完全是因为该条例中存在的弊端较多。例如：泉州这样的城市，本可利用季风在春夏两季内进行远洋，但按照这项规章泉州的商人必须实现前往广州领取公文，在返航之后还需绕道去广州交税，以至于，每一次出海都得在国外漂泊两年，使贸易周期延长到三年。泉州的商人，只能搞些违法经营才能回本，去往南国的商船越来越少，上缴到广州的商贸税自然逐年下降。

当时，有不少泉州的官员请奏朝廷在泉州开设市舶司，而广州的官员则请求宋神宗放宽专卖制度，遗憾的是这些请求均未得到批准。直到宋哲宗上台后，泉州市舶司才被设立。不过，虽然市舶司于泉州设立，却并未改善实际问题，朝廷规定市舶司的主管官员需由各路转运使担任，这也使中央对商贸的控制权越抓越严。到了宋徽宗时期，各地市舶司已经变成由朝廷派遣专职官员的直属机构。