袁崇焕对毛文龙的处理方式还是太过偏激了。将毛文龙轻而易举地杀掉，虽然满足了一时之快，但却为自己埋下了党争失利的隐患。此外，沿海地区毛文龙的老部下走投无路，只能投靠后金。毛文龙，就像是一切时弊的导火索，他的处境牵一发而动全身，一旦毛文龙暴毙将直接把事态推向不可预知的恶果中。

其实，整个事态里最讽刺的就是，敌人都打到家门口了，这些“国之栋梁”仍在忙于政治斗争。大明王朝残存的底蕴和最后的希望，都在这些无意义的斗争中消磨殆尽。最倒霉的，莫过于有心匡扶社稷的崇祯皇帝了。他本身就没什么本事，又有刚愎自用等一系列毛病。就算他一度为积重难返的社稷耗费心力，手下的文物群臣亦不肯听从号令。也难怪，崇祯只能将一切归咎于“臣子误国”，在留下一封遗恨万年的绝命书后以身殉国。

毛文龙在抗击后金时有功亦有过，然其罪不当诛，即便难免一死，也不应由袁崇焕于战事紧张之际处决。

毛文龙之死虽非明朝灭亡的决定性因素，却加速了其衰败进程，并对袁崇焕最终的悲剧命运产生了一定程度的影响。

《明史·袁崇焕传》载：“崇焕诛文龙，致帝后误诛崇焕。”袁崇焕斩杀毛文龙，此举成为崇祯帝日后处死他的缘由之一。

毛文龙与袁崇焕两位大将相继陨落后，明朝边疆陷入无将可守的境地，引发连串恶果，最终难以扭转明朝走向灭亡的趋势。