淡水藻经常习惯生长于新鲜、通常是暂时的池塘和水坑中。当环境条件不适宜时，也就是它们的栖息地干涸时，大多绿色藻类可产生坚韧胞壁的休眠孢子。这些干燥休眠孢子可存活很长时间，体积相当小，可被风吹起和携带，或被附在鸟爪子的泥中携带。当这些孢子一进入水中，立即重新活化，重获新生的胎儿很快就会占据这片水域。

但是，藻类也需要营养物才能生长，因此它不会在蒸馏水中很好地存活。普通可饮用自来水经处理不含毒素和微生物，但仍含有相当高浓度的植物营养物，如硝酸盐和磷酸盐类。其他来源包括空气中所携带的灰尘，当然，还有鸟类在洗澡时洗下的身体上的脏东西。由于这些原因，用自来水反复充满花园水池，通常会导致难看的绿藻过度生长。

出现绿藻主要是河水受到化学污染,水中化学耗氧值增加,水中的溶解氧浓度下降,有利于厌氧的微生物繁殖所引起.最大的危害就是水中溶解氧下降导致水质下降,鱼类可能死亡.一般水生植物也能进行光合作用,但是由于绿藻大量繁殖,覆盖了水面,影响水下植物的生长,所以无法完全发生光合作用。

藻类毒素可以通过食物链转移，藻类毒素易溶于水并且具有很强的耐热性。自然降解过程非常缓慢。传统方法难以完全消除水体中的藻类毒素。喝含藻毒素的水后，家畜和野生动物将出现腹泻，疲劳，厌食，呕吐，嗜睡，口腔和眼部分泌物增加甚至死亡的症状。